viernes, 8 de enero de 2021

Sobre la nueva variante del coronavirus detectada en Reino Unido

Europa,  Genotipia  / ciberpasquinero

 Poco antes de las Navidades, en pleno optimismo por la inminente aprobación de las primeras vacunas para COVID-19, el gobierno británico anunció la presencia de una nueva variante del coronavirus que se estaba extendiendo rápidamente por el país. El Servicio Público de Salud indicaba que no había indicios de que pudiera afectar a la gravedad de la enfermedad o a la respuesta a las vacunas. Sin embargo, la frecuencia de la nueva variante en zonas donde había aumentado la incidencia del virus y sus características genéticas  sugerían la necesidad de estudiar en detalle ese linaje concreto de SARS-CoV-2.
La aparición de variantes de un virus es esperable, ya que el material hereditario de los virus sufre mutaciones de forma natural. De hecho, desde la aparición del coronavirus SARS-CoV-2, la vigilancia genómica a la que se ha sometido el virus en diferentes países ha identificado múltiples variantes, como la variante G614, convertida en la forma predominante a principios de julio, o la variante detectada en España a finales del verano.

La mayor parte de las mutaciones que se han observado en el genoma de SARS-CoV-2 no parecen tener una repercusión funcional considerable. De hecho, se han descrito alrededor de 4000 mutaciones en la proteína S, que se localiza en la cubierta del virus y  tiene un papel relevante en la infección del virus. No obstante, la nueva variante presenta algunas características que han hecho que los expertos le estén prestando una atención especial. Entre ellas destacan una colección de cambios genéticos mayor de lo habitual y su rápida propagación por Reino Unido, donde fue identificada.

A continuación resumimos el conocimiento disponible en estos momentos sobre la nueva variante del coronavirus.

 

coronavirusLa nueva variante del coronavirus incluye 17 mutaciones que dan lugar a cambios en proteínas del virus, 8 de ellas en la proteína S. Imagen: Proteína S, esencial para la entrada del virus en las células con estructura del virus al fondo. NIH, CC BY 2.0 https://creativecommons.org/licenses/by/2.0/).

 Características genéticas de la nueva variante de SARS-CoV-2

La nueva variante, denominada linaje B.1.1.7, 20B/501Y.V1 o VOC–202012/01,  incluye una combinación de 17 mutaciones diferentes que dan lugar a cambios en proteínas del virus. Algunas de estas mutaciones ya se habían encontrado anteriormente de forma individual, pero no en una misma versión del virus.

Dentro de las mutaciones llama especialmente la atención que ocho de ellas se encuentran localizadas en la proteína S, proteína esencial para la entrada del virus a las células humanas. Dada la relevante función de la proteína S en el proceso de infección del coronavirus, la aparición de mutaciones en su secuencia tiene potencial para influir en la capacidad infectiva del virus.

Uno de los cambios en la proteína S más investigados y presente en el linaje B.1.1.7 es la mutación N501Y, que se localiza en el dominio de la proteína S responsable de unirse a los receptores ACE2 de las células humanas.  Estudios en ratón relacionan este cambio con un aumento en la capacidad de transmisión del virus a través de su acción sobre la afinidad de la proteína S a los receptores.  No obstante, todavía se desconoce si esta mutación o cualquiera de las otras encontradas en la nueva variante del virus, afecta a la gravedad de la enfermedad.

Otras mutaciones de interés en el linaje B.1.1.7 son:

  • La deleción 69/70 que podría llevar cambios conformacionales.
  • El cambio P681H, cercano a una región muy variable del coronavirus.
  • Una mutación de parada en la ORF8 del genoma del coronavirus cuya función se desconoce. La presencia de deleciones en el gen ORF8 se ha descrito previamente y se ha sugerido que el gen ORF8 podría ser importante para la adaptación del virus a la especia humana.

 Aparición y propagación

Las primeras muestras donde se detectó la nueva variante fueron obtenidas el 20 y 21 de septiembre de 2020 en el condado de Kent, Reino Unido. El informe preliminar donde se presentó la variante indicaba que la presencia de B.1.1.7 había crecido rápidamente en Reino Unido y se estaba convirtiendo en la forma dominante del virus en el país.

El anuncio de la existencia de la variante por parte del Gobierno Británico propició la modificación de las políticas de viajes y desplazamientos de numerosos países a finales de diciembre. Estas medidas favorecen la contención del virus en general, en todas sus variaciones. No obstante, dado que la nueva variante ya estaba en circulación semanas antes, aunque las medidas han actuado para frenar su movilidad, no han impedido su presencia en otros países.  Así, el linaje ya ha sido detectado en más de 30 países, entre los que se incluyen España, Francia Canadá y Estados Unidos.

Los primeros estudios epidemiológicos, pendientes de ser revisados por otros expertos, sugieren que la transmisión de la nueva variante del coronavirus podría ser mayor que la de otras variantes.  Sin embargo, no se sabe con exactitud si la rápida propagación observada en Reino Unido se debe a características propias del virus que se han visto seleccionadas favorablemente por selección o a fallos en la contención del virus en ciertas áreas geográficas por causas poblacionales. O si es una combinación de ambos factores.

 Cómo se originó la nueva variante

Los detalles de cómo se originó el linaje B.1.1.7 se desconocen todavía, como tampoco se sabe si surgió en Reino Unido. Esta variante del coronavirus presenta una amplia colección de cambios y es complejo establecer cómo han sido adquiridos, cuando se ha estimado que, en general, el coronavirus adquiere normalmente una o dos mutaciones al mes. En la actualidad se está investigando qué factores biológicos y epidemiológicos podrían haber intervenido en los procesos evolutivos o en la posible presión selectiva que haya dado lugar a la nueva variante.

Una de las hipótesis que plantean los expertos, es que  el virus haya adquirido las mutaciones a través de su evolución en pacientes infectados de forma crónica. La larga exposición e incluso algunos de los tratamientos podría haber sometido al virus a una fuerte presión selectiva forzándolo a generar mutaciones y seleccionar las más eficientes. Diversos estudios ya han reportado una elevada tasa de acumulación de mutaciones en poco tiempo en pacientes infectados de forma crónica y aunque este tipo de infección no es muy frecuente, podría haber representado un caldo de cultivo para la nueva variante.

Otra posibilidad es que el virus haya adquirido las mutaciones a través de un hospedador animal que haya actuado como reservorio.

 

Célula aislada de un paciente fuertemente infectada por SARS-CoV-2. Imagen: National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH.

 

Consecuencias sobre el desarrollo o funcionamiento de las vacunas

Hasta el momento no hay evidencias de que la nueva variante pueda comprometer la eficacia de las vacunas.

Las vacunas aprobadas hasta el momento generan una respuesta inmunitaria frente a diferentes partes de la proteína S. Para que una variante del virus consiga evadir al sistema inmunitario entrenado por la vacuna y comprometa la eficacia de ésta última, debería tener cambios que afecten a todas las partes frente a las que se generan moléculas de reconocimiento.

Por ejemplo, en el caso de la vacuna de Pfizer/BioNTech, un artículo en versión preliminar o preprint  (pendiente de ser revisado y aceptado en una publicación), indica que la vacuna induce una respuesta para neutralizar diferentes variantes de proteína S.  Respecto al linaje B.1.1.7, Uğur Şahin, CEO de BioNTech, ha manifestado que están realizando experimentos para comprobar que la vacuna mantiene la eficacia.

La efectividad de las vacunas frente a nuevas variantes  del coronavirus será un aspecto a evaluar conforme vayan apareciendo estas variantes. Lucy van Dorp, investigadora en genómica microbiana en el Instituto de Genética del University College London señala que "es factible que podamos llegar a un punto en el que se nos exija actualizar nuestras vacunas para la covid-19, como lo hacemos para la gripe, para reflejar las variantes en circulación en ese momento". Llegado ese punto, las empresas responsables de las vacunas deberán tener sistemas de respuesta para reprogramar sus vacunas, algo para lo que ya se están preparando y han señalado que podría realizarse con relativa rapidez. Otra posibilidad a largo plazo sería el desarrollo de vacunas de amplio espectro, algo en lo que ya trabajan diversas empresas biotecnológicas.

 Importancia de la vigilancia genómica para detectar e investigar las nuevas variantes del coronavirus

Si cualquier virus constituye "una mala noticia envuelta en proteína", como  señalaba Sir Peter Medawar, ganador del Premio Nobel de Fisiología en 1960, la aparición de variantes que favorezcan su transmisión o infectividad claramente representa noticias mucho peores. Por esta razón la vigilancia genómica o seguimiento de la variabilidad de un virus es tan importante. Un ejemplo es la detección del linaje B.1.1.7 producida gracias a la vigilancia genómica que se realiza en Reino Unido, una de las potencias mundiales en análisis genómico. Otra variante de interés detectada en Sudáfrica recientemente es la denominada 20C/501Y.V2 o linaje B.1.351, que también tiene múltiples mutaciones en la proteína S, incluyendo el cambio N501Y.

Ante la aparición de variantes emergentes de SARS-CoV-2 , desde el Grupo Colaborativo Multidisciplinar para el Seguimiento Científico de la COVID-19 destacan que la aparición de nuevas mutaciones tiene lugar durante la replicación del virus por lo que para limitar esta replicación a nivel poblacional, las campañas de vacunación constituyen una herramienta esencial.

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jueves, 7 de enero de 2021

No me invitaron: López Obrador


México / ciberpasquinero 

El presidente Andrés Manuel López Obrador no asistiría a la investidura de Joe Biden pues hasta el momento no ha recibido una invitación para tal evento. Sin embargo, aseguró que una de sus decisiones en su mandato ha sido salir poco al extranjero.
"No tengo invitación y he decidido salir poco. Desde que estoy en la presidencia solo he hecho un viaje a Washington a la Casa Blanca porque era muy importante el que se iniciara lo del Tratado de comercio. Siempre he pensado que la mejor política exterior es la interior".
"Considero que si hacemos bien las cosas en México nos van a respetar siempre afuera. Si se acaba la corrupción en México como queremos que suceda y estamos trabajando; si no hay impunidad, si se atiende al pueblo, si hay producción, hay trabajo para que el mexicano no se vea obligado a emigrar, si tenemos paz y tranquilidad nos van a respetar, vamos a hacer respetables y respetados en el mundo y eso lo logramos sin necesidad de estar viajando", agregó.
Durante su conferencia de prensa mañanera desde Palacio Nacional, López Obrador aseguró que los embajadores son los que representan a México.
"Ayer la embajadora de Estados Unidos, Martha Bárcena, me estuvo informando constantemente lo que sucedía y desde luego el secretario de Relaciones Exteriores que es un profesional, Marcelo Ebrard".

Buena relación con el presidente de Estados Unidos
AMLO recalcó que se tiene una buena relación con todos los gobiernos, "mantenemos buena relación con el presidente (Donald) Trump y consideramos que no vamos a tener ninguna diferencia con el presidente (Joe) Biden".  
Asimismo, mencionó que habrá un entendimiento con Estados Unidos: "No vamos a ser vecinos distantes, una política de buena vecindad, buenas razones, son 38 millones de mexicanos que viven en EU, es la comunidad hispana más importante en EU, y aquí viven más de un millón de estadounidenses".
"No hay problemas con el gobierno de Estados Unidos, les deseamos que les vaya bien".   

Que prevalezcan la democracia y la paz
Andrés Manuel López Obrador deseó que prevalezcan la democracia y la paz, al referirse a la irrupción violenta del miércoles en el Capitolio de Estados Unidos por parte de seguidores del presidente Donald Trump, y lamentó la pérdida de varias vidas en los disturbios.
El Congreso estadounidense certificó formalmente la madrugada del jueves la victoria electoral del demócrata Joe Biden, horas después de que cientos de partidarios de Trump entraran por la fuerza en el Capitolio en un estruendoso ataque a las instituciones del país norteamericano.
"Deseamos que siempre haya paz, que prevalezca la democracia, que es el poder del pueblo", dijo.
López Obrador señaló también que "siempre es muy lamentable el que se pierdan vidas humanas". Según reportes de la policía, durante los disturbios en Washington cuatro personas fallecieron, una por heridas de bala y tres por emergencias médicas. Otras 52 fueron detenidas

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miércoles, 6 de enero de 2021

Feliz navidad para el mundo ortodoxo



Europa  / ciberpasquinero

Desde que Rusia en su mayoría es un país cristiano ortodoxo, la gente rusa celebra la Navidad ortodoxa.
La Navidad en Rusia ahora es una fiesta mas religiosa que nacional. Pero es el día de descanso para todo el país como una fiesta religiosa.
Para muchos españoles y otros católicos sera una sorpresa pero la Navidad en Rusia se celebra el 7 de enero, no en Diciembre!
Es la Navidad ortodoxa que tiene lugar 2 semanas mas tarde que la católica. La Navidad es el 7 de enero. La noche antes del 7 de enero es la Noche Buena.
Hay gente ruso que va a las iglesias en la Noche Buena o el día de Navidad. Pero la mayoría de los rusos la celebran simplemente en casa. La celebran por la noche el 7 de enero con una cena familiar sencilla.
Entre los rusos hay muchos musulmanes, católicos. Los católicos celebran la Navidad católica. Pero la Navidad católica no se marca como una fiesta nacional. Tampoco la navidad católica es un día de descanso para la población rusa.
La gente católica y de otrsas religiones tiene el día de descanso nacional el 7 de enero en la Navidad ortodoxa como todo el país.

martes, 5 de enero de 2021

Legado de los neandertales podría impactar en nuestra salud

El esqueleto de un niño neandertal de hace 41.000 años puede resolver un misterio de larga data
¿Es una práctica exclusiva del Homo sapiens enterrar a los muertos? ¿U otros humanos primitivos como los neandertales pusieron a sus seres queridos a descansar bajo la tierra?



Europa / ciberpasquinero

Este es un tema de debate de larga data entre los arqueólogos. Ahora, la evidencia del comportamiento funerario de los seres primitivos podría arrojar luz sobre las habilidades cognitivas y las costumbres sociales de los neandertales. Y si, como los humanos modernos, eran capaces de tener un pensamiento simbólico.
Se han descubierto docenas de esqueletos de neandertales enterrados en Europa y partes de Asia a lo largo de 150 años. Los mejor conservados, sin embargo, se encontraron a principios del siglo XX y no se excavaron con métodos modernos. Esto ha llevado al escepticismo sobre si la práctica del entierro neandertal fue deliberada.
Un nuevo análisis de un esqueleto de un niño neandertal de hace 41.000 años, encontrado en una cueva francesa en la década de 1970, proporciona nueva evidencia de que los homínidos de la Edad de Piedra enterraron intencionalmente a sus muertos.
Investigadores franceses y españoles reexaminaron los restos utilizando métodos modernos de alta tecnología, volvieron a excavar el sitio arqueológico original donde se encontraron los huesos en La Ferrassie, suroeste de Francia, y revisaron los cuadernos y diarios de campo de la excavación original.
¿Su conclusión? El cadáver de un neandertal, de dos años, fue depositado deliberadamente en un pozo excavado en el sedimento.

Los restos del niño neandertal
La ausencia de marcas de carnívoros que pudieron haber intentado hurgar en un cuerpo descubierto y el hecho de que los huesos estaban relativamente sin dispersar con poca meteorización sugirió que el cuerpo se cubrió rápidamente, dijeron los investigadores. Los restos también estaban bien conservados (mejor que los huesos de animales encontrados en la misma capa de tierra) a pesar de pertenecer a un niño. Los esqueletos de los niños suelen tener huesos más delicados.
La posición del esqueleto también sugirió que el niño había sido colocado allí intencionalmente. La cabeza, que apuntaba hacia el este, se elevó más alto que el resto del cuerpo a pesar de que la tierra se inclinaba hacia el oeste.
«El origen de las prácticas funerarias tiene importantes implicaciones para el surgimiento de las llamadas capacidades cognitivas y comportamientos modernos», dijo el estudio. «Estos nuevos resultados proporcionan información importante para la discusión sobre la cronología de la desaparición de los neandertales y la capacidad de comportamiento, incluida la expresión cultural y simbólica, de estos humanos».
Los investigadores del Centro Nacional de Investigaciones Científicas de Francia, el Muséum National d'Histoire Naturelle de París y la Universidad del País Vasco en España identificaron 47 huesos pertenecientes al esqueleto del niño que no habían sido previamente identificados.
Una pieza de hueso fue datada al carbono y se encontró que tenía 41.000 años. Los investigadores confirmaron que el hueso pertenecía a un neandertal al analizar el ADN mitocondrial del fragmento.
El niño era uno de los ocho conjuntos de restos óseos encontrados en el sitio.

Ritos de muerte
También se ha encontrado evidencia potencial de entierro en uno de los sitios neandertales más famosos, la cueva Shanidar en Kurdistán, ubicada en el norte de Iraq. Este sitio albergaba los restos de 10 hombres, mujeres y niños neandertales. Se encontraron con grupos de polen antiguos, lo que sugiere que los neandertales pueden haber incluido flores como parte de sus ritos funerarios.
Las excavaciones más recientes de la cueva Shanidar han revelado más restos neandertales, que según las primeras investigaciones fueron enterrados deliberadamente.
Otras investigaciones han sugerido que había una diversidad considerable en la forma en que los neandertales europeos trataban a sus parientes muertos en el período inmediatamente anterior a su desaparición hace aproximadamente 40.000 años, incluido el canibalismo.
El equipo de investigadores dijo que los estándares analíticos actuales deberían aplicarse a los otros restos óseos en el sitio de La Ferrassie, para evaluar si ellos también fueron enterrados.

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